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不用编程,锁定非肿瘤领域的关键基因

来源:电脑编程技巧与维护 【在线投稿】 栏目:综合新闻 时间:2020-08-18

【作者】网站采编

【关键词】

【摘要】从小白能懂的角度,聊生信方方面面。大家好,我是解螺旋的雪球。分子是医学研究的主角。从分子的角度进行切入,无论是基础科研领域的模型、检测方法还是标志物,还是生信分析

从小白能懂的角度,聊生信方方面面。大家好,我是解螺旋的雪球。分子是医学研究的主角。从分子的角度进行切入,无论是基础科研领域的模型、检测方法还是标志物,还是生信分析中的富集分析、互作网络、临床预测模型的建立,都紧紧围绕这一认识深度展开。

分子该怎么找呢?

大家都知道酸菜老师有句名言,“要么筛,要么猜;有钱筛,没钱猜”。

说的就是有钱人家做研究,可以通过高通量筛选外加一通生信分析,从而得到差异表达基因以及关键基因;没钱做测序芯片的筛选,在浩如烟海的文献中,通过查阅检索文献的方式,找到一个或者几个没有在自己研究领域里做的研究。也有小伙伴说,我没钱,但是我有技能呀,我会R语言用公共数据库进行挖掘呀,不仅能二次利用公共数据库,还能顺手产一篇文章。

可是R语言不是还需要学习周期不是?真的是分析用一天,学习要半年。入门门槛太高,我要教大家的技巧,是五分钟快速学会在自己研究领域中定位到差异表达基因或者关键基因。接下来,我就以抑郁症这个非肿瘤领域的疾病为例,和大家聊一聊如何只用在线数据库,轻松点点,就能锁定非肿瘤领域的关键基因。

1.人类疾病数据库( 72 个数据库的信息,可以查阅和检索对不同疾病的总结信息,查看相互联系疾病之间的关系,检索的疾病的药物研究中重要有哪些重要的药物,与疾病相关的发表文章,查找和这个疾病相关的差异表达基因和经典基因。

打开MalaCards数据库,在检索框中输入疾病名称——Depression, 点击放大镜按钮:

跳转到疾病的亚类的界面,选择一个更准确的亚类的类型,这里就选择第二行的“Depression\" 这一个疾病关键词:

跳转到\"Depression\" 这个疾病的介绍页面:

下拉页面,会看到与抑郁症的相关基因:

把页面拉到底部,会看到与抑郁症相关的数据库及链接。感兴趣的可以一个个探究看一下:

数据库(

GeneCards数据库是可检索的人类综合数据库。

除了自建的信息外,还整合了超过150给外链数据库或者网站的数据,其中125个网站数据自动同步更新,提供简明的基因组、蛋白质组、转录组、遗传和功能上所有已知的和预测的人类基因功能数据资料,并整理归纳成别名、疾病、结构域、药物、表达、功能、基因组学、定位、同源序列、旁系同源基因、通路、产品、蛋白、文献、资源、概述、转录本、变异等18类(章节)信息,是目前信息最全的基因注释网站之一。

打开GeneCards网站,输入“Depression\",点击search:

页面跳转到Depression页面,功检索到个与抑郁症相关的基因,并附带有基因的全程、分类、打分情况等:

3.OMIM数据库(

OMIM数据库,全称Online Mendelian Inheritance in Man,中文称在线人类孟德尔遗传数据库。

OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过个基因的信息。OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联。OMIM数据库包括gene entry基因条目;allelic variations 等位基因变异;gene map 基因图谱;phenotypic series 表型系列;phenotype entry 表型条目;clinical synopsis 临床提要;external links 外部链接。

打开OMIM数据库,在检索框中输入“Depression\",点击检索按钮:

页面跳转,看到441个词条与抑郁症有关。每个词条下包括:表型与基因的关系、临床概要、疾病的临床信息、外部链接:

以第一个词条[# . PERRY SYNDROME ]为例,点击进入:

1. 表型与基因的关系

文章来源:《电脑编程技巧与维护》 网址: http://www.dnbcjqywh.cn/zonghexinwen/2020/0818/379.html

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